厦门相继开辟了厦门－金门客货运直航、厦门－香港（或日本石垣）－台湾第三地中转航运、台湾水果运输的“绿色通道”以及航空节日包机等多种航运形式。

厦金“小三通”
“小三通”客运航线比经港、澳中转可节省的时间和费用。
厦金小三通航班每天由原来往返12航班增加至16航班。
2007年初，厦门港又开通了五通码头至金门水头的厦金航线第二航道。

厦门是节日包机航点之一，节日包括春节、清明、端午、中秋。
厦门是周末包机五个直航点之一。周末包机时间：周五中午至下周一中午。
1997年厦门-高雄货运试直航，10年来，厦门港的两岸试点直航货物吞吐量累计已达289.1万标箱，占福建省的60%。